Todo comienza cuando el pelotón del Novato se prepara para abordar una nave Covenant.

Tras planear todo, empiezan a descender en sus HEVs, pero Dare decide desviar las cápsulas justo antes de que la nave Covenant haga una ruptura en el espacio, destruyendo gran parte de la ciudad. Los HEVs del equipo se dispersan, separando a todos los integrantes.

La campaña comienza seis horas después del descenso, cuando el Novato despierta. Él comienza a buscar a sus compañeros, lo cual lo guía hasta una base de datos en la cual encuentra el casco de Dare. Este casco es como una "terminal", en donde el Novato ve qué ocurrió, en este caso, la historia retrocede seis horas, y ahora el jugador se encuentra en el papel del Sargento Buck, el cual recibe transmisiones de Dare sobre su posición, informándole que se encuentra atrapada en su cápsula. Éste va a buscarla y tras vencer a varios Covenant llega hasta su cápsula. Cuando abre el HEV observa que está vacío, posteriomente aparece un Huragok, el cual lo tira al suelo, pero éste es eliminado por Romeo, aquí es donde ambos se reunen y el jugador vuelve a controlar al Novato.

El Novato reanuda su búsqueda, lo que lo lleva hasta el Parque Central donde encuentra el propulsor de unShortsword, el cual también es una "terminal", esta vez le muestra la historia de Dutch. Éste descendió en laReserva Natural Uplift, donde es llamado por mandos de la UNSC para evitar la destrucción de un Ascensor Orbital por el Covenant y más tarde para acudir a la defensa del edificio de la ONI. Junto a varios Marines, Dutch intenta evitar la destrucción del Ascensor pero no lo logra, aquí es cuando es llamado al puente de la ONI, al cual va con un grupo de marines en un Warthog, después de pasar por varios bloqueos del Covenant, el Warthog escapa del gran derrumbe del puente y cae en el Parque Central, aquí un Shortsword es destruído por un Banshee, donde sus restos caen y, a causa de la explosión, Dutch se golpea y su casco cae justo a su lado.

Después el Novato continúa con su búsqueda, la cual lo lleva a encontrar otra de estas "terminales", esta vez se trata de la historia de Mickey. Mickey se reúne con un grupo de marines, los cuales le informan que todos se dirigen a las oficinas de la ONI. Él y los demás marines forman un convoy de tanques y logran llegar al edificio.

El Novato reanuda su búsqueda la cual lo lleva a la siguiente "terminal", el puente destruido que lleva al edificio de la ONI. Ahora el jugador vuelve a jugar como Dutch, pero ahora esta acompañado por Mickey. Las fuerzas de la UNSC están siendo atacadas en el puente, por lo cual deciden volarlo. Después retroceden al edificio de la ONI, pues el Covenant los sigue atacando. Al darse cuenta de que son superados ampliamente en número, deciden explotar el edificio para que el Covenant no pueda acceder a la información. Después, son recogidos por unPelican, en donde reciben una transmisión de Buck para que vayan a recogerlos.

El Novato continua su búsqueda, la cual lo hace encontrar otra "terminal", el francotirador destruido de Romeosobre un tendido electrico al cual se las ingenia para bajar. Romeo esta junto con Buck, y poco antes de que ambos suban al Pelican este es atacado por dos Banshees. Romeo y Buck van a buscar el lugar donde se estrello el Pelican, el cual se estrello en el techo de un edificio cercano van al lugar enfrentando a numerosos enemigos a su paso. Al llegar, se defienden de los ataques de Covenant, todo va bien hasta que llega un Jefe Brute, el cual asesina a todos los policías que quedan, quedando solo el escuadrón de Buck, lo empiezan a atacar, pero el Jefe Brute derriba a Romeo y luego lo golpea con la parte con que tiene navajas de su Martillo Gravitatorio, causándole una gran herida. ya que de no haber sido por el rifle francotirador con el cual Romeo se proteje abria muerto, el Jefe Brute quita el rifle de su martillo y lo arroja al vacio callendo sobre unos cables del tendido electrico, Buck ataca al Jefe Brute con su daga y lo asesina.

El Novato vuelve a buscar mas pistas que le revelen la posición de su escuadrón, y encuentra otra de estas "terminales", esta vez se trata de un bote vació de Bioespuma, una sustancia utilizada por la UNSC para tratar heridas el cual encuentra en la entrada del metro . El Novato descubre que su pelotón se movilizo al metro de Nueva Mombassa, y afuera utilizan el bote de Bioespuma que el Novato encontró para tratar la herida de Romeo. El escuadrón planeaba utilizar el metro para transportarlos, pero Mickey se da cuenta de que esta inundado y no lo podrán usar, por lo que deciden capturar un Phantom. Una vez que lo capturan Mickey lo conduce mientras Romeo y Dutch operan las torretas. Mientras Buck los cubre utilizando un banshee.

Después el Novato sigue buscando y recibe una transmisión de Dare que viene de una sección que aun no ha sido inundada del metro, el la sigue y cuando la encuentra Dare le dice que les habia mentido hacerca de su mision, que su verdadero objetivo era asegurar la base de datos del Superintendente. El Novato la ayuda a llegar hasta el y luego un ingeniero suyo retira la información. Despues Buck, que también averiguo donde estaba Dare llega y salen cubriendo al ingeniero. Después se retiran por una autopista y llegan al parque ecológico para ser recogidos por Mickey. Una ves en el Phantom Buck y Dare que al parecer habian sido pareja observan como el Covenant destruia la ciudad en busca del arca. Despues de los creditos se ve una escena en la que el sargento Jhonson va a interrogar al ingeniero. Si completas el último nivel en Legendario aparece el Profeta de la Verdad viendo muchos ingenieros haciendo algo en los túneles cerca del Portal. El ve y sonrie.