Corre el año 2552. La humanidad lleva tiempo en guerra con la aterradora civilización alienígena que se autodenomina el Covenant. Este monstruoso conglomerado de especies belicosas ve a la humanidad como una forma de herejía contra su religión, una religión basada en la inquebrantable creencia de que un Gran Viaje aguarda a sus fieles, y que dicho viaje puede emprenderse al activar una serie de enormes armas parecidas a anillos diseminadas por toda la galaxia.
Estos inmensos anillos terraformados, conocidos como halos, han sido abandonados por sus misteriosos creadores desaparecidos hace tiempo, los Forerunners.
Este conflicto, con todo lo terrible y destructivo que ha resultado, se ha visto complicado recientemente por la sucesión de una serie de acontecimientos. Uno de estos mundos artificiales, estos halos, fue descubierto y posteriormente destruido por fuerzas humanas, encabezadas por Spartan-117, el Jefe Maestro, último miembro superviviente del legendario programa militar SPARTAN II y la única esperanza de la humanidad.
El conflicto en un segundo halo inició entonces una conflagración a nivel galáctico al estallar la guerra civil entre las filas del Covenant, motivada por las revelaciones de que sus dirigentes, los Profetas, habían estado engañando deliberadamente a sus súbditos.
Lo cierto es que estos halos no llevarían al Covenant a un Gran Viaje, sino que más bien erradicarían toda vida inteligente en la galaxia, una media extrema de defensa contra la amenaza más aterradora conocida, y una amenaza que los ilusos del Covenant han vuelto a despertar por segunda vez en cien mil años.
Ese horror son los Flood, unos parásitos inteligentes que todo lo consumen y convierten en monstruosos títeres a todo el que matan, y no se detendrán hasta que la última criatura pensante quede asimilada en su plan de feroz inteligencia.
El segundo Halo ha sido activado, lo que a puesto a todas las demás instalaciones en un peligroso estado de emergencia, ahora están listos para disparar. Y lo que es peor, el Covenant ha descubierto la localización de la Tierra, oculta desde hace mucho tiempo, y ha aplastado casi toda resistencia humana en su búsqueda de pistas vitales concernientes a la naturaleza de los halos, algunas de la cuales podrían haber estado ocultas ante nuestras mismas narices durante incontables milenios.
Incluso con nuestros aliados, los élites, y su valiente y honorable líder, el Inquisidor, nos siguen superando ampliamente en número. Los Profetas han puesto todo su empeño contra nosotros, y fuerza mayores que el Covenant preparan su malévola jugada, decididas a destruirlo todo salvo a los Flood.
El Jefe Maestro, que avanza a toda velocidad hacia la Tierra en una nave de los Forerunner, podría ser nuestra última oportunidad de detener al Covenant, los Flood y la bomba de relojería en marcha que es la red de halos, antes de que hasta la última alma de las galaxias sea eliminada. Nunca había habido tanto en juego.
Es la hora de poner fin a la lucha